CDD seems to be one of the projects that is actively being developed. It is now probably the best documented tool/database at NCBI. However, one important thing is missing in the documentation: how can you access this great resource programmatically?

Wait, wait… I know – you can start RPS-BLAST using the standard NCBI’s URL API:

$Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'DATABASE'} = 'cdsearch/cdd';
$Bio::Tools::Run::RemoteBlast::HEADER{'SERVICE'} = 'rpsblast';

but the output is definitely not what you may expect – this is a raw RPS-BLAST output, and NOT a CD-Search result with all those valuable annotations and domain feature predictions…

So how one can get a real CD-Search output? By experimenting with the POST parameters at the CD-Search web page I have found a simple way to do this.

All you need is to start a normal RPS-BLAST job using the URL API, e.g. using the BioPerl’s RemoteBlast class. However, do NOT get/parse the results – they are simply RPS-BLAST hits. Instead, save the Live Request Identifier (RID) of the job and do the following HTTP POST or GET request:

where  RID is the RID of your RPS-BLAST job. And you finally have the annotated CD-Search output in XML format, enjoy!

The magic CGI parameter here is “output=xml”. And as Larry Wall says, it is the magic that counts!

Бумът на интернет технологиите и достъпът до повече онлайн информация със сигурност улесни в известна степен научните среди. Но все пак голяма част от патентите, също така и специализираните литература и софтуерни продукти, остават на разположение за този, който си заплати (една завидна сума).

Всички знаем, че достъпът до информация е от съществено значение за бързото развитие на науките. Естествено има статии и бази данни със свободен достъп, но те са малка част. През последните години се наблюдава тенденцията да се създават повече проекти за свободен достъп на информация – много научни издателства например предоставят онлайн „Open Access” за част или всички свои статии. Нещо повече, някои организации спомагат за Open Source науката. Една от тях е BiOS (в прев. Биологична Инициатива за Отворено Общество), която поддържа идеята за споделени иновации като предоставя „Open Source” лицензи.  с това се противопоставя на стандартните права на ползване от страна на индустрията.

Дали това ще промени пазара? Със сигурност, според индустрията. Но в случая не говорим за лиценз, който дава разрешение за ползването на иновациите с комерсиална цел, а с идеална. Тоест, предоставянето на тази иновация на вниманието на научното общество, ще даде възможност тя да се доразработи много по-бързо в сравнение с R&D отдела на една компания.

Също така широкият достъп до онлайн издания, бази данни от нуклеотидни и пептидни последователности, както и специализиран софтуер, ще форсират световните научните разработки. По същият начин, както предоставените Open Source кодове дадоха възможност за по-широко навлизане на интернет технологиите в нашето ежедневие.

Най-накрая сме тук! С най-голямо удоволствие пиша “приветствения” постинг в този блог. Добре дошли и искрено се надявам да ви е интересно, да откриете “вашата” информация и да споделите мнението си разбира се!